Ao longo de mais de quatrocentos anos, a Igreja do Colégio passou por grandes transformações. De cabana em 1554, a igreja ganhou contornos da arquitetura colonial jesuítica quando da segunda construção do Colégio de São Paulo de Piratininga, em taipa de pilão, ainda no século XVI, e sofreu com o abandono após a expulsão dos jesuítas em 1759. 

  

Em fins do século XIX, através de um acordo entre o Bispado de São Paulo e o Governo da Província, decidiu-se pela demolição do templo em lugar da reconstrução, após o desabamento de parte de seu telhado em 1896, durante uma tempestade. 

  

Já no século XX, após a devolução do Pateo do Collegio para a Companhia de Jesus como um dos marcos iniciais das comemorações do IV Centenário da Cidade de São Paulo (1954), a igreja pôde ser reconstruída, e foi inaugurada em 1979. 

  

Um ano depois, Pe. José de Anchieta passou a ser o seu padroeiro, após ser beatificado pelo Papa João Paulo II. Em 2009, a igreja passou por sua última reforma, em projeto assinado pelo grande artista sacro brasileiro Cláudio Pastro (1948-2016), onde se buscou a unidade entre a celebração e o espaço litúrgico. 

 

Através de linhas finas e delicadas, Cláudio Pastro resgatou a história da atuação da Companhia de Jesus no Brasil com uma linguagem contemporânea: o conjunto dos azulejos laterais onde figuram os padres Manuel da Nóbrega (1517-1570) e José de Anchieta (1534-1597) e dos azulejos dourados do altar, fazem alusão ao barroco, aos famosos azulejos portugueses do período colonial e às personagens mais importantes da história da Companhia de Jesus em São Paulo; ao espaço, unem-se belas obras de arte, cuidadosamente escolhidas e dispostas, como o crucifixo do altar, uma peça datada do século XVI, proveniente da Ilha da Madeira. Aliás, o altar é o grande destaque do conjunto do templo: uma peça única, em granito rosa maciço com cerca de quatro toneladas, simboliza o Cristo, pedra fundamental da nossa fé. Também em granito rosa maciço encontramos a pia batismal e o ambão, que em conjunto com o altar e a entrada da igreja, dispõem-se em forma de cruz. Teologicamente pensado, todo o templo foi desenhado de maneira que a arte esteja em função da liturgia. 

 

Finalmente em 2014, a igreja tem seu padroeiro canonizado pelo Papa Francisco e passa a se chamar “Igreja São José de Anchieta”. É neste ambiente amplo e único que a igreja acolhe seus fiéis nas missas cantadas, sempre acompanhadas pelo órgão de aproximadamente mil tubos e, aos domingos, também pela Schola Cantorum do Pateo do Collegio.